Lors de la transition, la prise d’un traitement hormonal est essentiel pour poursuivre la transition. Ce traitement hormonal se caractérise par la prise de médicaments mais aussi, pour ceux qui le désire, des opérations chirurgicales permettant de modifier certains aspects du corps.

Le traitement hormonal va venir réduire le taux d’hormones qui a pris naissance dans le corps pour les remplacer par des hormones de l’autre sexe. 
Avant de voir les effets que procure le traitement hormonal sur le corps, il est important de rappeler que la prise de celui-ci est très encadrée et qu’il est soumis à certains critères 

• Il est proposé aux personnes présentant une dysphorie de genre persistante
• le consentement des parents et du patient est requis lorsqu’il s’agit d’une personne mineure
• l’état psychologique doit être vérifié et compatible
• selon les pays, il faut être majeur pour pouvoir avoir accès à ce traitement 

Lors de la prise du traitement, des contrôles réguliers sont effectués pour surveiller l’état des os lors de la transition. Grâce à des rayons X, il sera donc possible de déterminer si les os sont fragilisés ou non. On peut également déterminer la masse grasse ainsi que la masse maigre grâce à ces rayons et les potentiels risques cardio métaboliques qui peuvent subvenir pendant et/ou après la prise du traitement.